Studies on the value of incorporating the effect of dominance in genetic evaluations of dairy cattle, beef cattle and swine
Submitted 3 April 1997, accepted 29 June 1998
Résumé
Étude de l’intérêt de l’incorporation de l’effet de dominance dans l’évaluation génétique des bovins laitiers, des bovins viandeux et des porcs
Les effets génétiques non additifs ne sont pas considérés dans les évaluations génétiques pour les animaux domestiques ; ceci est dû à notre ignorance de l’importance de cet effet pour les caractères d’intérêt zootechnique et à la difficulté des calculs. Les avantages potentiels de la prise en compte des effets de dominance dans des évaluations génétiques sont, entre autres, le “nettoyage” des valeurs génétiques additives et la disponibilité d’estimation d’effets de combinaisons spécifiques pour chaque couple de parents potentiels. Nos études se sont focalisées sur la faisabilité d’évaluations génétiques incluant les effets de dominance et sur les avantages de telles évaluations. En utilisant des itérations sur les données, l’évaluation avec les effets de dominance est moins que deux fois plus complexe qu’un modèle uniquement additif. Avec la Méthode , les composantes de la variance ont pu être estimées pour des systèmes comprenant jusqu’à 10 millions d’équations et ceci pour bovins laitiers, bovins viandeux et porcs. Les effets de dominance ont été estimés à des valeur d’environ 10 % de la variance phénotypique ; les valeurs les plus élevées ont été observées pour des caractères de croissance. Exprimées en pourcentage de la variance additive, les estimations de la variance de dominance ont atteint 78 % pour le poids de la portée à 21 jours chez les porcs et 47 % pour la croissance post-sevrage chez les bovins à viande. Si on ignore les effets de dominance, les évaluations additives sont “contaminées” ; cette contamination est plus grande pour les évaluations de femelles issues d’une grande famille. Les changements de rang ont été très importants chez les bovins laitiers pour les mères de grands groupes de plein-frères, et moins importants chez les porcs. Les effets de combinaisons spécifiques ne peuvent évidemment pas être inclus dans un catalogue, mais doivent être calculés pour chaque couple de parents. Les prédictions d’effet de combinaisons spécifiques peuvent être utilisées dans les programmes d’accouplement par ordinateur par le réseau Internet. Les gains obtenus par l’inclusion des effets de dominance dans les évaluations sont limités, mais restent plus importants que les coûts estimés nécessaires pour produire de telles évaluations.
Abstract
Nonadditive genetic effects are currently ignored in national genetic evaluations of farm animals because of ignorance of the level of dominance variance for traits of interest and the difficult computational problems involved. Potential gains from including the effects of dominance in genetic evaluations include “purification” of additive values and availability of predictions of specific combining abilities for each pair of prospective parents. This study focused on making evaluation with dominance effects feasible computationally and on ascertaining benefits of such an evaluation for dairy cattle, beef cattle, and swine. Using iteration on data, computing costs for evaluation with dominance effects included costs could be less than twice expensive as with only an additive model. With Method , variance components could be estimated for problems involving up to 10 millions equations. Dominance effects accounted for up to 10% of phenotypic variance; estimates were larger for growth traits. As a percentage of additive variance, the estimate of dominance variance reached 78% for 21-d litter weight of swine and 47% for post weaning weight of beef cattle. When dominance effects are ignored, additive evaluations are “contaminated”; effects are greatest for evaluations of dams in a single large family. These changes in ranking were important for dairy cattle, especially for dams of full-sibs, but were less important for swine. Specific combining abilities cannot be included in sire evaluations and need to be computed separately for each set of parents. The predictions of specific combining abilities could be used in computerized mating programs via the Internet. Gains from including the dominance effect in genetic evaluations would be moderate but would outweigh expenditures to produce those evaluations.